Conselho Universitário é o órgão superior máximo de deliberação coletiva da Universidade em matéria de política universitária e de administração (Estatuto da UFVJM, Art. 8º). Ao Conselho Universitário incumbe formular a política geral da Universidade nos planos acadêmico, administrativo, financeiro, patrimonial e disciplinar, respeitada a legislação (Estatuto da UFVJM, Art. 12).
O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão é o órgão técnico de supervisão e deliberação em matéria de ensino, pesquisa e extensão (Estatuto da UFVJM, Art. 13).
O Conselho de Curadores é o órgão de fiscalização econômico-financeiro da Universidade Estatuto da UFVJM, Art. 16).
O Conselho de Integração Comunitária, órgão de caráter consultivo, tem por objetivo prover apoio à Universidade, além de dar subsídios de natureza crítica, visando à maior integração da Universidade com a sociedade (Estatuto UFVJM, Art. 19).
O Manual do Conselheiro foi elaborado pela Reitoria da UFVJM, gestão 2015-2019, e traz conceitos jurídicos importantes para auxiliar na apreciação, debate e deliberação das matérias das pautas. O manual, no entanto, não é de uso exclusivo para os órgãos superiores, pois pode ser usado e aplicado em todos os órgãos colegiados da instituição.