1) Caracterização, Manejo e Conservação de Solos
Envolve projetos de pesquisa que estudam a gênese e caracterização dos solos e seus efeitos sobre as diversas variáveis nas plantas, além das práticas de manejo visando a sustentabilidade de plantios com eficiência de uso e conservação dos recursos naturais.
2) Fitossanidade
Envolve projetos de pesquisa que estudam aspectos ligados ao Manejo Sustentavel de Plantas Daninhas e Manejo Integrado de Pragas buscando maior estabilidade, diversidade e equilibrio nos agroecossistemas. Sao temas abordados por esta linha de pesquisa: avaliacao dos agroecossistemas; manejo de plantas daninhas; reducao do uso de herbicidas; fitorremediacao de solos contaminados; resistencia de plantas a insetos; controle biologico de pragas e ecotoxicologia.
3) Manejo e Produção de Plantas
Envolve projetos de pesquisa com ênfase nos fatores envolvidos no manejo e produção sustentável de plantas. São priorizados os sistemas consorciados e com forte ênfase ao uso eficiente dos recursos naturais, baseados na fisiologia das plantas, no seu melhoramento e na sua capacidade competitiva.